Tras la Segunda Guerra Mundial, Sukarno, líder del Partai Nasional Indonesia (PKI) proclamó la independencia de Indonesia. La pérdida de las Indias neerlandesas fue en un principio inaceptable para el gobierno neerlandés.

Se produjeron intervenciones militares que fueron condenadas por las Naciones Unidas apoyadas por los Estados Unidos. Cuatro años más tarde se produjo la transferencia de la soberanía a Indonesia. Tras la Segunda Guerra Mundial, llegó el momento de que los Países Bajos rompieran con su pasado colonial. El 17 de agosto de 1945 Sukarno proclamó la República de Indonesia. Sukarno era ingeniero civil y desde muy joven estuvo metido en política. En 1927, Sukarno había creado un partido político con el nombre de Partai Nasional Indonesia (PNI) bajo el lema “Indonesia merdeka” (Indonesia libre). Las autoridades neerlandesas le tuvieron recluido en la cá rcel desde 1929 hasta 1932. En 1933 le volvieron a meter en la cárcel, hasta que los japoneses le liberaron en 1942. Durante la ocupación, Sukarno cooperó con los japoneses, a quienes les vino muy bien el nacionalismo para alcanzar sus propios objetivos. En los Países Bajos, la gente estaba convencida de que después de la guerra en Indonesia todo volvería a ser como antes, aunque en un discurso que pronunci ó la reina Guillermina en la radio en 1942 ésta había prometido organizar una conferencia imperial tras la liberación, en la que se regularía la independencia de Indonesia. La subestimación neerlandesa de la fuerza del nacionalismo contribuyó a que ni se pudiese plantear una transición progresiva. Además, los Países Bajos opinaban que antes de que se pudiese hablar sobre independencia primero se debía restablecer la autoridad. Los ingleses, que habían liberado Indonesia, no quisieron colaborar si no se hablaba también con los representantes de la República. Al imponer esta condición, los ingleses de hecho reconocieron la República de Indonesia. En 1946 se celebró una conferencia en los Países Bajos entre los representantes de la República y el Gobierno neerlandés, en la que no se pudo llegar a un acuerdo. Ese mismo año el Congreso neerlandés aprobó el acuerdo de Linggadjati, por el cual se formaría una Unión Indonesioneerlandesa a su debido tiempo, consistente en el Reino de los Países Bajos y los Estados Unidos de Indonesia con la reina al frente. En los Países Bajos, la opinión pública y casi todos los partidos políticos estaban totalmente en contra de una Indonesia soberana. En 1947, a raíz de las violaciones de la tregua y de la presión ejercida por las empresas neerlandesas que se sentían amenazadas, se produjo una intervenció n militar. Esta primera “actuación policial” provocó la indignación de las Naciones Unidas (ONU) y se exhortó a los Países Bajos a que cesaran las actuaciones. Una “Comisión de Buenos Oficios” de la ONU actuó como intermediaria, pero en 1948 hubo una nueva confrontación porque los Países Bajos no se fiaban de las intenciones de la República. La ONU volvió a intermediar y se creó una Comisión de las Naciones Unidas para Indonesia (UNCI) a la que se atribuyeron competencias para preparar la soberanía. El 27 de diciembre de 1949 se produjo la transferencia de la soberanía en Amsterdam. Durante los siguientes años Indonesia y los Países Bajos siguieron teniendo altercados por muchas cuestiones, como por ejemplo por la soberanía de Nueva Guinea. Esta situación desembocó en 1957 en la adopción de medidas por las cuales todos los holandeses tuvieron que abandonar Indonesia, en 1958 en la nacionalización de todas las empresas neerlandesas y en 1960 en la ruptura de las relaciones diplomáticas. En 1962 se volvió a negociar sobre la cuestión de Nueva Guinea por mediación de Robert Kennedy, hermano del entonces presidente de Estados Unidos. En 1963 se produjo la transferencia de Nueva Guinea y en 1964 se reanudaron las relaciones diplomáticas.