Las provincias meridionales de los Países Bajos, que estaban sometidas a la autoridad española, firmaron la Unión de Arrás. Las siete provincias “libres” del norte firmaron la Unión de Utrecht para así continuar juntos la lucha contra España.

El 24 de agosto del año 1572, en la Noche de San Bartolomé, fueron asesinados en París los principales jefes de los hugonotes; entre ellos, se encontraba Coligny, que era el principal partidario de Guillermo de Orange. La matanza se prolongó durante tres días, muriendo más de 20.000 hugonotes. Esto hizo que por el momento cesara todo tipo de ayuda proveniente de los franceses. Entretanto el duque de Alba se dirigió con su ejercito hacia el norte y fue conquistando ciudad tras ciudad. Sólo se salvó Alkmaar. En 1573, el Duque de Alba fue sustituido por don Luis de Requesens y Zúñiga. Aprovechando el menor vigor de la actuación de Requesens y la muerte de éste a los tres años de llegar, Guillermo de Orange consiguió una serie de importantes éxitos. En 1576, las diecisiete provincias firmaron la llamada “Pacificación de Gante”, en la que se adoptaron una serie de acuerdos sobre la cuestión religiosa. Así, se derogaron las leyes contra la herejía hasta que los Estados Generales tomaran una decisión sobre la libertad de religión. La cuestión religiosa desembocaría en una escisión entre los Países Bajos septentrionales y los meridionales. El hijo de Margarita de Parma, Alejandro Farnesio, príncipe de Parma, fue nombrado en 1578 gobernador de los Países Bajos. El nuevo gobernador consiguió que las provincias meridionales, que habían seguido siendo católicas, volvieran a someterse a la autoridad real española, firmándose el 6 de enero de 1579 la Unión de Arrás. Como reacción a la misma, las siete provincias del norte firmaron el 23 de enero del mismo año la Unión de Utrecht. Uno de los acuerdos más importantes tomados en la Unión de Utrecht fue que cada una de las provincias estaba facultada para regular según propios criterios la cuestión de la religión, pero que en todo caso nadie sería perseguido por sus convicciones religiosas. Guillermo de Orange consideró la escisión de los Países Bajos como una derrota personal. Guillermo de Orange costeó los levantamientos de 1568 y 1572 de su propio patrimonio y había quedado prácticamente arruinado. De ser una de las personas más ricas de su tiempo, había pasado a ser un hombre cargado de deudas. El pueblo le veneraba y le llamaba con cariño “Padre de la Patria”. Sus adversarios, sin embargo, le dieron el sobrenombre de “el Taciturno”, porque opinaban que se callaba en momentos en los que precisamente debía hablar.En general, se le reconoce una gran personalidad por su coraje y valentía para enfrentarse a dos enemigos tan poderosos como el rey de España y la iglesia cat ólica. Cuando en 1580 Felipe II le declaró proscrito y puso precio a su cabeza, Guillermo escribió, ayudado por el predicador Villiers, su famosa Apología; en ella exponía su teoría sobre el derecho a rebelarse contra un tirano. Las siete provincias, por su parte, respondieron a la proscripción de Guillermo de Orange en 1581 con una solemne declaración (“Placcaet van Verlatinghe”) en la que declaraban no reconocer ya a Felipe como soberano por no haber cumplido éste con sus obligaciones para con los súbditos. En 1582 tuvo lugar un atentado contra la vida de Guillermo de Orange. Su tercera mujer, Carlota de Borbón, con quien se había casado en 1575, se ocupó personalmente de cuidarle y lo hizo con tanta dedicación que perdió la salud y murió. En el año 1584 Guillermo sufrió otro atentado, que esta vez fue mortal. El atentado fue cometido en la ciudad de Delft por un cierto Baltasar Gerards. Guillermo de Orange dejó viuda a su cuarta mujer, Luisa de Coligny, hija de un líder importante de los hugonotes; con ella había tenido un hijo, Federico Enrique. Después de la muerte de Guillermo, los Estados Generales se reunieron y decidieron continuar la lucha. En esta reunión estuvo también presente Mauricio, hijo de Guillermo de Orange, que a la sazón contaba con 17 años de edad. La situación de las provincias rebeldes empeoraba rápidamente. El duque de Parma conquistó Amberes, la ciudad más importante de los Países Bajos. Muchos de los habitantes de Amberes se desplazaron hacia Amsterdam, que llegó a tener una gran importancia comercial, reemplazando así a Amberes. Los Estados Generales quedaron más que nunca convencidos de que la violencia era el único medio posible para librarse de la dominación española. Se ofreció sucesivamente la soberanía sobre los Países Bajos libres a Enrique II, rey de Francia, y a Isabel, reina de Inglaterra. Ambos rehusaron por temer una guerra con España. Isabel, no obstante, envió a los Países Bajos un ejército al mando del conde de Leicester, quien, en contra de la voluntad de la reina, aceptó el nombramiento de gobernador. Leicester ejerció el gobierno sin tener en cuenta a los Estados Generales y perdió pronto la confianza depositada en él. En 1588 los Estados Generales decidieron no nombrar nigún nuevo gobernador y asumir ellos mismos la soberanía, creando así la República de las Provincias Unidas.

Los nobles piden a la gobernadora Margaretha van Parma que cese la persecuci ón de herejes. Ambiente de sublevación en las provincias. Se desencadena una oleada de violencia contra iglesias e imágenes religiosas. Felipe II envía al Duque de Alba para que ponga orden a la situación.

En 1565, tuvieron lugar en Spa una serie de deliberaciones entre los nobles y los representantes de los consejos de iglesia calvinistas, durante las cuales se concretaron planes de acción en contra de la represión que sufría el calvinismo. En 1566 decidieron presentar a la gobernadora una súplica en la que se le instaba a cesar la persecución de quienes tenían otras convicciones religiosas. Uno de los consejeros de Margarita de Parma, comentando con sorna la acción de los nobles, dijo: “No son más que unos mendigos (‘gueux’)”. Los partidarios de la sublevación adoptaron este nombre como distintivo de la resistencia y esa es la razón por la que llevaban, a modo de símbolo, una cadena colgada al cuello con la escudilla típica de los mendigos. Los “mendigos” llegarían a ser uno de los más temidos adversarios de Felipe II en el mar. En 1566, a causa del desequilibrio de la sociedad producido por las persecuciones de herejes y de la subida de los precios de los cereales, se produjo en los Países Bajos una situación revolucionaria. Los nobles enviaron a Margarita de Parma una segunda suplicatoria en la que pedían una total libertad religiosa y proponían que Egmont, Hoorne y Guillermo de Orange se hicieran cargo del gobierno de los Paí ses Bajos. En agosto de aquel mismo año se desencadenó una oleada de violencia contra iglesias e imágenes religiosas: más de 400 iglesias católicas y conventos fueron saqueados y destruidos. A raíz de tales acontecimientos, Margarita de Parma exigió a todos los nobles un nuevo juramento de fidelidad al rey. Guillermo de Orange, Hoorne, Hoogstraten y Brederode se negaron a prestar el juramento. Incluso enviaron una tercera carta suplicatoria en la que volvían a pedir la libertad absoluta de religión; pero, además, esta vez amenazaban con una sublevación en caso de que las súplicas fueran desoídas. El 13 de marzo de 1567 se produjo un enfrentamiento entre las tropas de Margarita de Parma y las de los calvinistas. Estos fueron derrotados, quedando aniquiladas sus tropas en las inmediaciones de Amberes. A raíz de aquellos acontecimientos, se adoptaron una serie de medidas extremamente severas contra los calvinistas. Guillermo de Orange, Brederode y miles de otros huyeron al extranjero. Felipe II envió al duque de Alba, Fernando Álvarez de Toledo, a los Países Bajos al mando de un gran ejército. El duque de Alba fue nombrado gobernador y Margarita de Parma dimitió. Con la llegada del duque de Alba, se inició en los Países Bajos un nuevo periodo de gran agitación. A Alba se le había encomendado la tarea de castigar con su ejército a los rebeldes y extirpar de raíz la herejía. A este fin, creó el Tribunal de Tumultos, facultado para enjuiciar y condenar a cualquier persona, haciendo caso omiso de clases sociales y rangos. Pronto el pueblo empezó a designar a este tribunal con el nombre de “Tribunal de la Sangre”, a causa de las numerosas ejecuciones que ordenó.