El 27 de septiembre de 1940 Japón, Alemania e Italia firmaron el Pacto Tripartito. El 7 de diciembre de 1941 Japón bombardeó la base naval norteamericana de Pearl Harbour en el océano Pacífico. Los japoneses ocuparon sin mucha dificultad Birmania, Malaca, Singapur y las Indias neerlandesas. La flota aliada, bajo las órdenes del contralmirante neerlandés Karel Doorman, fue derrotada en la Batalla del Mar de Java. Se hundieron casi todos los buques australianos, británicos, norteamericanos y neerlandeses. En esta batalla murieron miles de personas, entre las cuales 900 holandeses. En tierra, las tropas neerlandesas en las Indias neerlandesas tuvieron que capitular al cabo de tres meses. Durante los meses siguientes se recluyó a todos los holandeses en campos de internamiento separados para mujeres y hombres. Este acto supuso una profunda humillación para los holandeses, que habían formado la élite en las Indias neerlandesas. Además, el trato que recibieron del ocupante japonés fue malo. En los campos dominaba una disciplina estricta y la comida era muy escasa. Al principio, la población indonesia adoptó una postura ambigua. ¿Los japoneses venían ahora como liberadores o como ocupantes? Antes del estallido de la Segunda Guerra Mundial, Indonesia ya contaba con un movimiento nacional, del cual Sukarno era el dirigente con su Partai Nasional Indonesia (PNI). Los japoneses se sirvieron de este movimiento para conseguir sus propios objetivos. Se subordinó a toda Indonesia a los objetivos bélicos de Japón, lo cual supuso que cientos de miles de indonesios tuvieron que hacer trabajos forzosos, al igual que los prisioneros de guerra neerlandeses de sexo masculino. Estados Unidos consiguió detener el avance japonés en el verano de 1942. La Marina norteamericana ganó las grandes batallas navales en el Mar del Coral (7-8 de mayo de 1942) y la batalla naval en Midway (3-6 de junio de 1942). En octubre de 1944, los Estados Unidos consiguieron llegar a Filipinas conquistando las islas del Pacífico. La guerra finalizó con el lanzamiento de las bombas atómicas en Hiroshima y Nagasaki el 6 y el 9 de agosto de 1945 respectivamente. En Hiroshima murieron 140.000 personas en el acto. En Nagasaki murieron unas 70.000 personas. El 2 de septiembre de 1945 se firmó la capitulación y Japón empezó a desalojar las zonas aún ocupadas.

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