Carlos V asumió la soberanía de los Países Bajos y fortaleció considerablemente su influencia. Sometió a su autoridad a las diecisiete provincias y llevó a cabo una política centralista que creó cada vez más descontento.

En 1492, las provincias de Flandes, Artois, Brabante , Limburgo, Namur, Luxemburgo, Henao, Holanda y Zelanda, habían reconocido a Felipe el Hermoso como legítimo soberano. Güeldres y Zutphen, en cambio, quedaron bajo la soberanía de Carlos de Egmont. Las provincias de Lieja, Utrecht, Frisia y Groninga conservaron su independencia. Carlos de Egmont y Felipe el Hermoso se habían disputado denodadamente el dominio de las provincias aún autónomas. El hijo de Felipe el Hermoso, Carlos V, que alcanzó la mayoría de edad en 1515, consiguió someter a su autoridad – con excepción de Lieja – a todas las provincias, llegá ndose a crear así en el siglo XVI cierto grado de cohesión en los Países Bajos. En 1517, Carlos V partió para España a fin de suceder a su abuelo materno Fernando, y se estableció allí durante el resto de su reinado, volviendo sólo ocasionalmente a los Países Bajos por periodos de mayor o menor duración. Margarita de Saboya fue nombrada de nuevo regente de los Países Bajos. En 1519, Carlos V sucedió a su abuelo Maximiliano y se convirtió en Emperador de Alemania. De este modo, llegó a ser soberano sobre un inmenso imperio, al que pertenecían, entre otros, los territorios del Nuevo Mundo conquistados por los españoles. Carlos V llevó a cabo una política eminentemente centralista. Hizo caso omiso del “Gran Privilegio”, que había sido instaurado por su abuela y que concedía a las provincias amplia libertad política. En 1531 reformó el gobierno central y, al morir Margarita de Saboya, nombró a su hermana María de Hungría regente de los Países Bajos. El Gran Consejo fue desmembrado en tres consejos separados: El Consejo de Finanzas, el Consejo Secreto y el Consejo de Estado. Este último estaba integrado por funcionarios y nobles de la alta nobleza, y su tarea consistía en asesorar a la regente sobre todo tipo de cuestiones. Además, Carlos V nombró en cada provincia un estatúder, que gobernaba en su nombre. María se reunía casi diariamente con algunas personas de su confianza y en estas reuniones por regla general no participaban los nobles, lo cual creó mucho descontento por parte de éstos. Durante el gobierno de Carlos V tuvieron lugar importantes acontecimientos en materia de religión. En 1517 el monje agustino alemán Martín Lutero fijó a la puerta de la iglesia de Wittenberg sus 95 tesis, expresando el descontento que reinaba contra la Iglesia Católica. Su protesta se dirigía especialmente contra el lucrativo comercio en indulgencias, que servían para obtener perdón por los pecados cometidos. Carlos V combatió encarnizadamente a los protestantes, muchos de los cuales fueron condenados a morir en la hoguera. Las ideas luteranas encontraron especialmente en los Países Bajos un terreno abonado. Hay que tener en cuenta que un tercio de los habitantes de los Países Bajos sabía leer y escribir, lo que favoreció el que la reforma se viera apoyada por una gran parte de la población. Surgieron diversas tendencias. La doctrina radical del francés Calvino (1509-1564) ganó rápidamente terreno. Los calvinistas tenían unos servicios religiosos muy sobrios y consideraban como idolátricas las imágenes de las iglesias católicas. Otra corriente de pensamiento importante en la Europa de aquel tiempo fue el humanismo, cuyo representante más famoso fue Erasmo de Rotterdam (1469-1536). Una de sus obras más conocidas es “El Elogio de la Locura “, sátira de los abusos reinantes en la iglesia y en la sociedad. Erasmo intent ó armonizar el humanismo, que concede gran importancia a la libertad y a la autonomía de la persona, con el cristianismo. En 1555 Carlos V se vio obligado a firmar la Paz de Augsburgo con los prí ncipes luteranos del Imperio Alemán. En ella se estableció que cada príncipe tenía derecho a determinar qué religión se podía practicar en sus dominios. Para los Países Bajos esto implicaba que habían de seguir siendo católicos. Aquel mismo año Carlos V abdicaba, completamente desilusionado por no haber conseguido conservar la unidad del cristianismo en sus reinos. Su hermano Fernando heredó la corona imperial del Imperio Alemán y su único hijo, Felipe II, heredó el trono de España y las diecisiete provincias neerlandesas.

Los Países Bajos pasan a pertenecer al Imperio Alemán. Ludovico Pío (778-840) sucedió en 814 a su padre, Carlomagno. Mandó construir fortificaciones en la costa para defenderse de los ataques de los normandos, que habían comenzado ya durante el reinado de su padre. Los normandos, procedentes sobre todo de Dinamarca, continuaron por lo menos 200 añ os haciendo incursiones por las zonas costeras de los Países Bajos, interná ndose a través de los ríos hasta las zonas interiores para saquearlas.

Al morir Ludovico Pío, en 843 se repartió en Verdún el imperio entre sus tres hijos. El mayor, Lotario, recibió la corona imperial y se le asignó la zona central, que se extendía desde el centro de Italia hasta el mar del Norte y que incluía a los Países Bajos. Después de la muerte de Lotario, estos dominios fueron de nuevo repartidos entre sus tres hijos. Lotario II recibió los territorios del norte, que se extendían desde Frisia hasta las montañas del Jura. Al reino de Lotario se le dio el nombre de Lotaringia. Lotario II murió sin dejar herederos y Lotaringia fue dividida en dos: Franconia Oriental y Franconia Occidental. En 925 Enrique I el Pajarero, rey de Germania, se apoderó de toda Lotaringia y de este modo los Países Bajos pasaron a formar parte formalmente del Imperio germá nico, situación que se prolongó oficialmente hasta 1648. A pesar de esta anexió n, los territorios de Lotaringia siguieron luchando por su independencia. El surgimiento del sistema feudal en el Imperio germánico acarreó un cambio radical de la estructura social. El rey o el emperador concedía a los nobles y altos eclesiásticos – en régimen de vasallaje – tierras en usufructo, que estos repartían según el mismo sistema entre sus propios vasallos, los cuales, a su vez, volvían a repartirlas. En la base de esta pirámide se encontraban los campesinos (siervos), que habían de entregar la mayor parte de su cosecha a los señores. Los vasallos empezaron a adoptar una actitud cada vez más independiente frente al Imperio Germánico, cimentando así las bases de lo que serían los condados y, más adelante, los principados independientes. El nombre de “Holanda ” aparece en 1100 como designación de un condado. En la historia de los Países Bajos este periodo se denomina “época de los príncipes soberanos”. Fue un periodo en el que se pusieron en explotación muchas tierras y en el que el comercio y la industria crecieron significativamente. La población de las ciudades se incrementó considerablemente, lo que contribuyó a que la administración local se hiciera cada vez más importante. Los emperadores alemanes intentaron restablecer su autoridad, que se veía cada vez más reducida por las aspiraciones de independencia de los condes y sus vasallos, concediendo cargos seculares a eclesiásticos fieles al emperador e invistiendo a laicos con cargos eclesiásticos. A raíz de esta política, en los siglos XI y XII surgió la llamada “lucha de investiduras” entre el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico y el papa. En 1122 finalizó tal contienda, desistiendo el emperador de ejercer influencia en el nombramiento de obispos y abades. Consecuencia de ello fue que la autoridad del emperador se vio debilitada y que el Sacro Imperio Romano Germánico siguió decayendo.

En la alta Edad Media los francos desempeñaron un importante papel en los Pa íses Bajos. Con el nombre de “francos” se designaba probablemente a una serie de tribus germánicas que se habían unido para combatir contra los romanos.

En varios decenios, los francos fueron extendiéndose hacia el sur. Sin embargo, al producirse en 451 la invasión de los hunos al mando de Atila – que había causado una gran oleada de emigración -, los francos combatieron junto con los romanos en los Campos Cataláunicos. La cultura de los francos se desarrolló gradualmente a partir de la cultura romana tardía. El rey Clodoveo (466-511) era nieto de Meroveo, que había fundado la dinastía de los merovingios. Fue el rey franco que más éxito tuvo, consiguiendo extender el dominio de los francos por toda Galia: desde los Pirineos hasta los grandes ríos del norte de los Países Bajos. Estando a punto de morir, repartió el reino entre sus cuatro hijos. Bé lgica y una parte de los Países Bajos le tocaron a Clotario I. Los merovingios instituyeron el cargo de mayordomo de palacio, que desempeñaba las funciones de consejero y jefe de la corte. Los mayordomos acumularon mucho poder y con el tiempo llegaron incluso a convertirse en reyes. Uno de estos poderosos mayordomos, Pipino II, venció en el año 689 al rey frisón Radboud cerca de donde está la actual ciudad de Wijk bij Duurstede, extendiendo sus dominios hacia el norte y el este. En aquel tiempo empezó la cristianización de los Países Bajos. Los misioneros iban predicando el Evangelio por el país. En el año 629 se construyó en Utrecht una pequeña iglesia sobre las ruinas de un antiguo fuerte romano. En las regiones del norte, sin embargo, los frisones se aferraban a su antigua religión y la cristianización tenía entre ellos poco éxito.

El monje anglosajón Willibrordo es uno de los predicadores más famosos de la historia neerlandesa y desarrolló su actividad principalmente en Frisia. Fue nombrado por el papa arzobispo de los frisones y consagrado obispo de Utrecht. Después de la muerte de Willibrordo, sucedida en el año 739, su contemporáneo Bonifacio, obispo de Maguncia, quiso continuar su labor, pero en el año 754 fue asesinado en Dokkum por los frisones. En el año 751, Pipino III derrocó al último rey merovingio y se hizo proclamar – con consentimiento del papa – rey de los francos, siendo coronado por el obispo Bonifacio. De este modo dio comienzo la dinastía de los carolingios, nombrada así en honor de su más insigne miembro, Carlomagno (742-814). Carlomagno era hijo de Pipino III y heredó el reino junto con su hermano Carlomán. Después de morir éste, Carlomagno llevó a cabo una campaña militar contra los sajones, los cuales, bajo el mando de un noble llamado Widukind, luchaban contra la hegemonía de los francos. En 785 Widukind se rindi ó y fue obligado por Carlomagno a ir a Galia para prestarle juramento de fidelidad y ser bautizado. De este modo, la parte oriental de los Países Bajos y los territorios de Frisia quedaron definitivamente bajo el dominio de Carlomagno. Carlomagno quería organizar sus dominios tomando por modelo el Imperio Romano. En 800 se hizo coronar por el papa emperador del Sacro Imperio Romano. Durante su reinado, que duró 47 años, se llevaron a cabo numerosas reformas administrativas y floreció la vida cultural. En el punto culminante de su poder, los dominios de Carlomagno se extendían desde el Elba hasta la Marca Hispánica y desde el centro de Italia hasta el mar del Norte.